Yan Etki Çoğu kez hasta hafif baş ağrısı ve uyarım uygulanan yerde hafif bir rahatsızlık dışında herhangi bir olumsuz etki hissetmez. 1985 yılından beri yapılan çalışmalarda hafif baş ağrısı dışında bir yan etkisine rastlanılmamıştır. TMS unutkanlık veya hafıza bozulmasına yol açmaz . Seansın uygulanması sonrasında hasta araç kullanabilir ve hemen günlük rutin hayatına dönebilir.